首页>产品中心 >MHC四聚体应用专题 >小知识

Helixgen COVID-19 MHC-I Tetramer——助力新冠疫苗研发

抗原特异性细胞毒性T细胞(CTL)是特异性细胞免疫应答的主要效应细胞,在机体控制病毒感染及清除病毒过程中起主导作用,是病毒感染性疾病研究及相关疫苗开发中的一大热点。

针对目前新型冠状病毒疫情,深入研究新冠病毒感染过程中诱导的SARS-CoV-2 特异性CD8+T细胞反应的丰度、表型、功能等,有助于加快疫苗研发,为疫苗有效性、临床疗效监测等提供一种科学有效的方法。

1. 新冠病毒结构及其核心蛋白

冠状病毒是RNA病毒,其基因组除了包含相关的酶基因外,还包含各种结构蛋白的编码基因,主要有编码位于包膜上的纤突蛋白( spike protein,S 蛋白) 、膜蛋白( membrane protein,M 蛋白) 、包膜蛋白( envelope protein,E 蛋白)基因和编码与病毒RNA紧密结合的核蛋白( nucleocapsid protein,N蛋白)基因。S蛋白含有宿主细胞受体识别位点,是介导病毒入侵和决定病毒感染种属与组织特异性的因子; E蛋白和M蛋白主要参与病毒的装配过程; N蛋白包裹基因组形成核蛋白复合体。

 图片 1.png

2. CTL细胞在新冠防御中发挥着重要的作用

有研究对三名SARS康复个体在病毒感染后9年和11年对其SARS特异性T细胞进行分析,检测到了两种针对SARS-CoV膜(M)和核衣壳(N)蛋白的CD8(+)记忆性T细胞,这些特异性T细胞及其抗原肽的识别及鉴定对SARS疫苗的设计和开发非常重要[1]。此外,研究者对新冠恢复期个体SARS-CoV-2特异性CD8+T细胞进行研究,结果发现在N和S蛋白抗体血清阴性患者中,可检测到N和S蛋白特异性记忆CD8 + T细胞结果表明针对S和N蛋白的CD8+T细胞免疫在某些患者中强于体液免疫[2]因此,从CD8+T细胞角度,深入探究并寻找有效抗击新冠病毒预防及治疗策略,已成为当前研究的热点。

3. COVID-19 MHC-1 Tetramer助力新冠疫苗研发

广州好芝生物科技有限公司研发团队结合COVID-19表位肽研究最新成果,针对新冠病毒S蛋白、N蛋白、M蛋白、ORF1ab、ORF3a采用最新的抗原表位肽预测算法,结合中国人群高频HLA-A*0201/1101/2402,设计合成了相应的 MHC-I Tetramer,旨在助力冠疫苗表位肽筛选及疫苗有效性评价感染者及疫苗接种者的细胞免疫检测相关MHC-1四聚体如下:

üS蛋白

S蛋白是冠状病毒非常重要的表面蛋白,与病毒的传染能力密切相关(受体识别和细胞膜融合),S蛋白包含S1、S2和受体结合域(RBD),是目前疫苗研究的热点抗原蛋白。

蛋白

MHC分型

多肽序列

位置

S

H-2D(b)

CVNFNFNGL

538~546

S

H-2D(b)

VYAWNRKRI

350~358

S

H-2D(b)

SVLYNSASF

366~374

S

H-2D(b)

KVGGNYNYL

444~452

S

Mamu-A1*00101

IAIPTNFTI  

712~720

S

Mamu-A1*00101

SAPHGVVFL

1055~1063

S

Mamu-A1*00101

YFPLQSYGF

489~497

S

HLA-A*2402

YFPLQSYGF

489~497

S

HLA-A*0201

ALNTLVKQL

940-948 

S

HLA-A*0201

VLNDILSRL

976-984

S

HLA-A*0201

LITGRLQSL

997-1005

S

HLA-A*0201

YLQPRTFLL

269-277

S

HLA-A*2402

QYIKWPWYI

1208-1216

S

HLA-A*1101

RLFRKSNLK

454-462

S

HLA-A*1101

GVYFASTEK

89-97

S

A*0201

RLNEVAKNL

1167-1175

S

A*0201

NLNESLIDL

1192-1200

S

A*0201

FIAGLIAIV

1221-1229

S

A*0201

TLDSKTQSL

109-117

S

A*0201

VVFLHVTYV

1060-1068

S

A*0201

KLPDDFTGCV

424-433

S

A*0201

SIIAYTMSL

691-699

S

HLA-A*0201

FVSNGTHWFV

1095-1104

S

HLA-A*1101

GTHWFVTQR

1099-1107

S

HLA-A*0201

SFIEDLLFNKV

816-826

 

üN蛋白

N蛋白在冠状病毒中含量丰富,是一种高度免疫原性蛋白,参与基因组复制和细胞信号通路调节,是目前疫苗研究的热点抗原蛋白。

蛋白

MHC分型

多肽序列

位置

N

HLA-A*0201

LLLDRLNQL

222-230

N

HLA-A*0201

ILLNKHIDA

351-359

N

HLA-A*0201

GMSRIGMEV

316-324

N

HLA-A*1101

ATEGALNTPK

134-143

N

HLA-A*1101

KTFPPTEPK

361-369

N

HLA-A*0201

ALNTPKDHI

138-146

N

HLA-A*0201

LALLLLDRL

219-227

ü其他蛋白

N、S蛋白外,研究较多的新冠疫苗潜在靶点包括:Membrane蛋白、ORF1ab、ORF3a,其抗原肽相关四聚体如下:

蛋白

MHC分型

多肽序列

位置

Membrane

A*0201

TLACFVLAAV

61-70

ORF1ab

A*0201

RTIKVFTTV

1566-1574

ORF3a

A*0201

ALSKGVHFV

72-80

ORF1ab

A*0201

KLWAQCVQL

3886-3894

ORF1ab

A*0201

YLFDESGEFKL

906-916

ORF1ab

A*0201

ALWEIQQVV

4094-4102

ORF3a

A*0201

LLYDANYFL

139-147

Membrane

A*0201

KLLEQWNLV

15-23

ORF1ab

A*0201

FLLPSLATV

3639-3647

ORF1ab

A*0201

ILFTRFFYV

2332-2340

ORF1ab

A*1101

ASMPTTIAK

2192-2000

ORF1ab

A*1101

SAFAMMFVK

3622-3630

ORF1ab

A*1101

STFNVPMEK

2600-2608

ORF3a

A*2402

VYFLQSINF

112-120

ORF1ab

A*2402

VYIGDPAQL

5721-5729

Membrane

A*0201

GLMWLSYFI

89-97

ORF3a

A*0201

YLYALVYFL

107-115

 

Reference:

[1] Ng OW, Chia A, Tan AT, Jadi RS, Leong HN, Bertoletti A, Tan YJ. Memory T cell responses targeting the SARS coronavirus persist up to 11 years post-infection. Vaccine. 2016 Apr 12;34(17):2008-14.

2】Schulien I., Kemming J., Oberhardt V., et al. Characterization of pre-existing and induced SARS-CoV-2-specific CD8+ T cells. nature medicine. 2020

 


Top ↑